Méthodes génétiques pour l’évaluation de la qualité des sédiments fluviaux à l’aide d’oligochètes

Les oligochètes (une sous-classe des annélides) permettent d’évaluer la qualité des sédiments fins/sableux. Cependant, les oligochètes sont difficiles à déterminer. L’objectif du projet OligoGen était de continuer de développer et de tester trois méthodes génétiques différentes afin de les rendre utilisables en routine pour la détermination des taxons d’oligochètes. Les méthodes suivantes ont été prises en compte : 1) séquençage à haut débit d’oligochètes génétiquement marqués II) métabarcoding d’ADN dans l’éthanol de matériel conservé et III) métabarcoding d’ADN provenant de mélanges d’oligochètes.

Le présent rapport ainsi que la synthèse décrivent les principaux résultats du projet et résument les avantages, les limites, l’applicabilité et les perspectives de développement des trois méthodes testées.

Note : Cette publication n’est pas une aide à l’exécution de la Confédération mais un rapport d’experts.

Paramètres relevés

Espèces et abondances d’oligochètes aquatiques (une sous-classe des annélides) recensées par différentes méthodes génétiques.

Évaluation

L’évaluation est basée sur le calcul de l’indice biologique des oligochètes IOBS. Celui-ci a été développé pour évaluer la qualité des sédiments fins/sablonneux dans les rivières.